生物学者であった昭和天皇は、皇太子時代から粘菌にも関心をもたれ、熊楠の存在を知っていた。熊楠は、陛下のご要望に応えて、小畔四郎らとともに大正15年(1926)、粘菌37属90点の標本を進献している。
昭和4年(1929)、御進講の打診があった。同年6月1日、正装のフロックコートを着用した熊楠は、神島で陛下をお迎えした後、御召艦「長門」の艦上にて約25分間、田辺湾の生物について御進講を行った。「ウガ」など珍しい生物の標本を多数、ミルクキャラメルの大箱に入れて持参したことが伝わっている。
熊楠にとって、この日は生涯で最も晴れがましい日となった。翌年(1930)には、神島に行幸記念碑が建立され、熊楠はこの島の森が末永く保たれることを願った和歌を詠み、石碑の文字も、自ら筆をとった。
一枝もこゝろして吹け沖つ風 わが天皇のめでましゝ森ぞ
昭和37年(1962)、再度の行幸の折りに、昭和天皇は熊楠を偲ぶ和歌を詠まれた。
雨にけふる神島を見て 紀伊の国の生みし南方熊楠を思ふ
この御製を刻んだ碑は、神島を望む、南方熊楠記念館の前に建立されている。
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