来到田边的熊楠，与喜多幅武三郎、多屋寿平次一家、川岛草堂等频繁交往中，深深感受到这个地方气候适宜，风景优美，物价便宜，于是便决定在这里定住下去。 他租下了中屋敷町中丁北端多屋家的房子，从和歌山取回书籍等物品，开始了田边的定居生活。
1906年(明治39)7月27日，熊楠40岁的时候，喜多幅武三郎做媒，与斗鸡神社主持田村宗造的四女松枝结婚，松枝当时28岁。
田村宗造是纪州藩士的汉学者，熟知中国文化，松枝自小受到汉学教育，贤惠能干，因为孝敬父亲从而耽误了婚姻大事。第二年7月，长子熊弥出生，熊楠异常兴 奋，在日记中写道：「看着自己的儿子一直到拂晓」。
在田边定住之后，熊楠开始整理在和歌山、白砂、熊野采集到的粘菌标本，之后他的足迹踏遍田边地区，大规模、长时间的出入山林采集和整理植物标本，这期间他 发现了「深红粘菌」，「熊野丁子苔」等新品种，这些在他的日记中均有记述。
1905年秋天，熊楠向大英博物馆赠送了46件粘菌标本，引起英国菌学会会长Athn Lister的注意，这些信息很快作为「日本产粘菌第二报」发表在英国植物学杂志『Jonrnal of Botang』第49卷上，以此为契机熊楠开始了与Athn Lister父女的交流，从而进一步确立了世界性粘菌学者的地位，这为日后的向天皇献讲奠定了基础。
儿子熊弥出生以后，熊楠夫妇曾经一度关系不和，夫人松枝曾返回过娘家，此后熊楠喝酒的事也变得少了，在他日记中记录着熊弥的举止和幼儿言语，充分表明他对 孩子倾注了深深的爱和对将来的期待。但是，因为熊楠的生活习惯是上午11点左右起床，从下午开始到第二天凌晨，都在看书、整理标本、撰写论文等，家务就只 能靠松枝夫人。
1911年(明治44)10月长女文枝诞生了。
在研究隐花植物和粘菌的同时，从1909年(明治42)开始，熊楠不断地借阅古书，他坚信读书不如抄书而能够熟记，花费3年工夫摘抄『大藏经』等，保存下 来的『田边摘录』达到61册。
熊楠回国后曾经在英国的杂志发表过论文,后来逐渐开始向日本的专业杂志和报纸投稿，1904(明治37)年后集中精力向『东洋学术杂志』投稿。
熊楠的论文旁征博引，还有很多见闻、民俗资料和市井趣闻，充分显示了他惊人的记忆力。作为例子有这样一个的故事。熊楠自今福町浴池回家时，经过广畠岩吉 (江川的插花老师)的家，因为这里经常会有故事会，熊楠听后不忘，时常指出与以往故事中讲的不对的地方，所以人们最害怕在熊楠面前讲故事。
| < 那智时代 | 反对神社合祀 > |