アメリカ留学の決まった熊楠は、10月、和歌山松寿亭で杉村広太郎(のち楚人冠(そじんかん)と号した有名な新聞記者)ら友人たちと別離の会を開いた後、神戸から横浜に向かい、東京での渡航準備や紀州出身の学友達と留別送の会を催し、1886年(明治19)12月22日、横浜からシティ・オブ・ペキン号(3,120トン)に乗船して、渡米の途についた。
これより前、親友羽山繁太郎に贈った写真の裏に、「僕も是から勉強をつんで、洋行すましたその後は、ふるあめりかを跡に見て、晴る日の本立ち帰り、一大事業をなした後、天下の男といはれたい」と、その決意の程を記している。
ペキン号は、翌1887年(明治20)1月7日、サンフランシスコに入港した。翌日上陸して、熊楠は間もなく同地のパシフィック・ビジネス・カレッジ(商業学校)に入学した。しかし、もともと商業嫌いな熊楠は、勉強するつもりはなく、いわば外国生活を体験したようなものであった。
8月にシカゴを経てランシングに行き、ミシガン州立農学校に入学願書を提出し、試験の結果入学を許可された。翌年4月、日本人学生二人と幾何学の勉強中、アメリカ人学生の乱暴に会い乱闘騒ぎが起こるが、熊楠が書いた訴文などにより、校長の裁判によってアメリカ人学生は停学処分となりひとまず解決した、しかし11月、寄宿舎にて小宴をし、アメリカ人学生二人、日本人学生二人とウイスキ-を飲み、「法師さん」の遊びをし大酔して、自室に帰る途中廊下で眠り、雪中寄宿舎見回りの校長に発見され、問題になることとなった、しかし、他の四人の放校を免れる為、熊楠一人が責任をとることとし、翌早朝、農学校を去りアナーバーに移った。
アナーバー周辺には30人程度の日本人留学生がいて、優秀な人材が集まっていた。熊楠はそれらの学生と大いに交遊したが、自分は学校には入らず、読書して独学をするほか、しきりに山野を歩き植物採集に励んだ。とくに菌類や地衣(こけ)類のような隠花植物に関心を強めた。
そして、1889年(明治22)10月、近代生物学の中興と言われるスイスの大博学者『コンラ-ド・フォン・ゲスネル伝』を読み、「日本のゲスネルとなろう」と心に誓った。このことがあって、熊楠が生涯、隠花植物研究の道を歩み続けることになるのである。
また、文通上の知人となったフロリダで地衣類を蒐集するアメリカ退役陸軍大佐カルキンスよりフロリダにはアメリカの学者も知らない植物が多いと聞き、アナーバーにて薬入提箱、薬品数種、植物圧搾器など購入し、顕微鏡2台、書籍若干、ピストル1挺、その他捕虫機械などを携帯し、1891年(明治24)4月、汽車でフロリダに向かい、3日かかって同州ジャクソンビルに着いた、ここには親切な中国人(江聖聡)がいて、面倒をみてくれ、3ヵ月余り熱心に植物・動物などの採集活動を行なった。合衆国最南端のキーウエストという小島でも採集を行った後、9月中旬キューバ島のハバナに向かった。
ハバナには日本人はいないと思っていたが、着いて40日ほどして、思いがけず外人サーカス団の曲馬師、川村駒治郎が訪ねてきた。それが縁でサーカス団に加わっていた3人の日本人と出会い、ハイチのポルト-プランス、ベネズエラのカラカス、バレンシア、ジャマイカ島などと、しばらく行を共にし、熊楠は象使いの下働きのようなこともしたという。
こうして、西インド諸島の各地を回っている間に、各種の生物、とくに珍しい菌類や地衣類を採集したのである。この旅行中はキューバ独立戦争の最中で、革命軍に身を投じて負傷したというようなことが伝えられたが、そうした事実はなかった。
1892年(明治25)1月、ジャクソンビルに戻り、八百屋の中国人江聖聡の家に厄介になり、そこでフロリダやキューバなどで採集した植物を、夏までかかって整理した。8月に江が店を閉じ、故国、中国へ帰るようになったこともあって、かねてから渡英することに決めていた熊楠は、ニューヨークに行き、9月14日シティ・オブ・ニューヨーク号に乗船した。アメリカ滞在は6年であった。
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