ロンドン時代、熊楠の生涯の中で、とりわけ大切な、二つの出会いがあった。一つは中国の革命家・孫文との出会いである。
明治30年(1897)3月、大英博物館東洋学部長ダグラスの紹介で、二人は出会った。孫文はロンドンに亡命中だった。「西洋の学問」に負けない「東洋の学問」の確立を目指した熊楠。西洋の先進文明に学んで、中国の近代化を図ろうとする孫文。この時、同年代の二人は、互いの祖国の将来や夢を熱く語りあったことであろう。
孫文は、「海外逢知音(海外にて知音と逢う)」という特別な友への惜別の辞を熊楠の日記とサイン帳に記し、明治30年(1897)6月、イギリスを去った。
明治33年(1900)10月に帰国した熊楠は、横浜に滞在している孫文のことを知り、手紙を送った。孫文からはすぐに返信があり、翌年(1901)2月には和歌山で再会した。孫文は、熊楠のために、自分の庇護者である犬養毅宛ての紹介状を書いている。二人が会ったのはこれが最後となったが、その後も通信は続き、孫文はハワイで採集した地衣の標本を熊楠に送っている。孫文が辛亥革命を成功させたのは、その10年後のことである。