1916年(大正5)4月，熊楠在租住地的对面以弟弟常楠的名义购买了1320平方的宅地(中屋敷町36番地)，不仅有了自己的住宅、书房和仓库，在庭园 中有植物研究园和饲养乌龟青蛙的地方，熊楠在书房彻夜研究和撰写论文，在仓库里整理书籍和资料。
神社合祀的反对运动之后，熊楠积极参与“反对田边大滨台场公园出售”、“反对和歌山城的沟填”、“反对采伐田边扇浜的卧龙松”、“反对斗鸡神社附近建设纺 织公司”等社会运动，给县知事、内务部长、警察部长等政府官员做环保运动的演讲。
另一方面，他在报纸杂志上发表自然科学和「神社合祀问题」论文后，有关民俗学的论文一发而不可收。继1909(明治42)年在『南海时报』发表「鸡之 话」，又陆续在『东京人类学会杂志』、『山岳』、『太阳』、『考古学杂志』、『日本及日本人』、『此花』、『乡土研究』、『日刊不二』、『风俗』、『集 古』、『历史和民俗』、『土之铃』、『性研究』、『现在』、『日本当地的风俗资料』、『同一个人』、『民俗•学问』、『彗星』、『旅行和传说』、『冈山文 化资料』、『熊野太阳』、『大日』、『古石墓』、『植物学杂志』「订正我国粘菌类目录」上发表民俗和自然科学方面的论文。
1910(明治43)年『大阪每日新闻』登载suwinguru博士邀请熊楠访美的报道和福本日南介绍熊楠的连载后，许多学者和名人前来拜访，再加上专注 于撰写民俗学论文，所以对植物菌类的研究常常就在自己家的庭园里进行。这个时候，熊楠在自己家柿子树下发现了有名的新种粘菌 「minakaterura•lungifiler」(英国菌学会会长，gurieruma•risuta-女士命名)。
1920年(大正9)8月，受到好友高野山管长土宜法龙的邀请，熊楠登上高野山，与小畔四郎会合，在一乘院寄宿2周，采集菌类。1921年的晚秋，与楠本 秀男(秋津的画家雅号辰仙)一起在高野山逗留1个月，进行了菌类的采集和速写。
熊楠积极与县知事和朋友们协议建立「南方植物研究所」，并为了收集资金在1922年(大正11)3月，时隔36年之后重返东京，一直到8月逗留了5个 月。「南方植物研究所成立宗旨」由田中长三郎起草，发起人有原敬、大隈重信、德川赖伦、幸田露伴等各界名人约30名。准备把募集到的资金将用于采集和处理 标本，出版图录，扩大今后的研究。
熊楠进京后，拜访过当时的内阁总理大臣高桥是清等政界和学术界名人，资金募集虽然有了很大进展，却未能达到目标。这期间还发生了一件趣事，募集过程中，矢 吹义夫(日本邮船大阪支店副长)要求熊楠提交一份履历，熊楠花了3天的时间书写了一份可谓前所未闻的长达7、7米的履历书，这份被称作日本第一长的履历 书，不仅内容丰富，学识渊博，而且也成为了解熊楠的宝贵资料。
同年的1925年(大正14)3月，长子熊弥初中毕业后前往四国高知报考高级中学(现高知大学)，可惜不幸在高知发病，未能完成考试，由佐竹友吉和金崎卯 吉陪伴回到和歌山，之后在家中养病3年，这期间熊楠闭门谢客，一直到1928年(昭和3)5月把熊弥送入京都的医院。
此后因为生活费和募捐等问题熊楠与弟弟常楠的矛盾日益加深，生活状况也急转直下。这是他连续出版了『南方闲话』，『南方随笔』，『续南方随笔』三本论文 集，由此熊楠的学识再次得到世人的承认。
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