南方熊楠（みなかたくまぐす）は、1867年（慶応3）4月15日、和歌山城下の橋丁（現：寄合町）で、金物商を営む南方弥兵衛（39歳）、妻スミ（30歳）の四男二女の二男として生まれた。
幼いころから人並みはずれて自然界に対し好奇心が旺盛で、記憶力も素晴らしかった。4歳ぐらいのころ、隣家から植物の本をもらい、たいそう喜んでそれを見て、大切にしたという。
生まれつきの優れた才能は、早くも小学生の頃（7歳）から、当時の国語辞典である『節用集』、実用事典『大雑書』や絵入り百科事典である『訓蒙図彙』等を筆写し自習した。このようなことから、一代で財をなした父、弥兵衛はその才能を伸ばすため、当時の商人の家としては珍しく、開設されたばかりの和歌山中学（現、桐蔭高校）に入学させた。このころから知識欲は益々高まり、漢学の素読の勉強や、蔵書家を訪ねて書物を見せてもらい、記憶して家に帰って、それを筆写した。
当時の百科事典にあたる『和漢三才図会』105冊、植物図鑑である『本草綱目』等の筆写はあまりにも有名な逸話であり、5年あまりで完成させたという。
中学校当時は、学校の勉強はあまり熱心ではなく、弁当を早く食べ、その空弁当箱にカエル、カニなどを入れ観察するなど、学業には力を入れず成績はあまり芳しくはなかった。
しかし、博物学の鳥山啓（ひらく）先生（国学、天然地理学、洋学にすぐれ、後、華族女学校、学習院の教授。『軍艦マ－チ』の作詞者）などには強い感化をうけた。
1883年（明治16）3月、和歌山中学を卒業して上京し、神田の共立学校で勉強したのち、翌年、大学予備門（後の旧制第一高等学校、現東京大学）を受験して合格、入学した。同期生には、正岡子規、夏目漱石、山田美妙（びみょう）らがいた。
しかし、学校の授業には興味を覚えず、校外に出て図書館での筆写や、上野博物館、動物園や小石川植物園などで自学し、また考古遺物や動植物・鉱物などを採集することが多かった。
このころ、世界的な隠花植物学者イギリスのバ－クレイや、アメリカのカーチスという植物学者が菌類（キノコ・粘菌など）を6000点集めたと知り、それ以上を採集し、図譜を作ろうと思い立った。
こうした有り様で、学業には精を出さず、学年末試験に失敗したこともあって、1886年（明治19）2月に大学予備門を退学、帰郷した。その年の10月、アメリカに渡って勉強したいと父に申し出た。当初は反対していた父も、その熱意に負け渡米を許した。
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