南方熊楠1867年(庆应3年)4月15日出生在和歌山城下的桥丁(现:寄合町)，父母经营金属器具，有6个兄妹。幼年时期，他对自然界充满了好奇心，记 忆力极好。据说从4岁时，从邻家得到介绍植物的书籍，爱不释手。
小学时表现出很好的天分，7岁时就自学国语词典『节省开支集』、百科词典『大杂书』和『启蒙图汇』。父亲为了发挥他的才能，把他送进成立不久的和歌山中学 (现梧桐荫高中)。从这个时候开始，熊楠的求知欲越发高涨，熟读汉学，寻找奇书默记后回家书写。据说他用5年的时间抄写了当时的百科词典『和汉三岁图册』 105册和植物图鉴『草本纲目』。
中学时，他深受博物学老师鸟山启的感化，经常早早的吃完盒饭，把青蛙，螃蟹等放进饭盒，观察琢磨，所以学习成绩并不是很好。
1883年(明治16)3月，熊楠初中毕业后到东京，在神田的共同学校学习，第二年进入大学预备门(旧制第一高级中学，现东京大学)，同期生中有正冈子 规、夏目漱石、山田美妙等以后的名人。
但是，熊楠依旧对学校不感兴趣，他把更多的时间花在图书馆、上野博物馆、动物园和小石川大学植物园以及采集考古遗物和动植物标本上。
此时，他了解到世界知名植物学家英国的Berkeley和美国的Curtis收集了6000种菌类，并立下决心一定要超过他们。
1886年(明治19)2月他因为大考失败，返回老家，向父亲提出留学美国，父亲起初表示反对，最终无法阻挡他的热情而同意了熊楠的留美。
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